1682 entdeckt, wurde 1934 der erste mit Wasser gefüllte Siphon mit einer Sprengung umgangen. So konnte die heute zugängliche Höhle weiter erforschte werden. Im Jahr 1935 wurde die Kristallhöhle als Schauhöhle eröffnet.
1999-2002 wurde durch die Arbeitsgemeinschaft für Speläologie Regensdorf (AGS-Regensdorf) die Kristallhöhle genau vermessen und einen detaillierter Plan erstellt.
Der Plan Umfasst den 128m für die Besucher begehbaren Hauptgang, sowie die weiteren, nicht öffentlich zugänglichen 241m. Am Ende des Ganges war bis 2013 kein Durchkommen mehr, da ein weiterer Siphon den Forschern das Weiterkommen erschwerte. 2013 gelang es der Höhlentauchgruppe WEdir den 93m langen, engen Siphon zu durchtauchen. Nachdem der neue Höhlengang vermessen wurde, entdeckte die Höhlentauchgruppe 2015 nach weiteren, circa 50m Neuland wieder einen neuen Siphon, mittlerweile den dritten der Kristallhöhle. Es bleibt spannend in der Multisiphonhöhle!
In der Literatur wird die Höhle schon früh erwähnt, erstmals im Jahre 1702 vom Zürcher Gelehrten Johann Jacob Scheuchzer.
Bereits auf der ältesten mineralogischen Karte der Schweiz ist die Kristallhöhle Kobelwald als Mineralfundstelle aufgeführt. Die vom französischen Geografen Philippe Buache gezeichnete „CARTE MINERALOGIQUE DE LA SUISSE“ stammt aus dem Jahre 1752.
Als Schauhöhle betrieben wird die Kristallhöhle Kobelwald seit dem Jahr1935. Damals wurde die Höhle elektrisch beleuchtet, mit einem Tor geschützt und ein Weg im Höhlengang angelegt. In den Jahren 1987 sowie 2001-2002 wurde die Höhle umfangreich saniert.
Das Wasser des Höhlenbaches wurde schon anfangs des 18. Jahrhunderts gefasst und brachte dem Bad Kobelwies einen lebhaften Kurbetrieb.
Das Wasser soll eine heilende Wirkung haben bei Rheuma und chronischen Hautkrankheiten. Heute wird das Wasser für diese Zwecke nicht mehr genutzt.
Für alle die es genau wissen wollen, sind im Buch „Die Kristallhöhle Kobelwald“ auch detaillierte Höhlenpläne abgebildet.